中科院—马普学会计算生物学伙伴研究所（简称伙伴所）成立于2005年10月，是中科院和德国马普学会合作共建、联合资助、共同管理的一个国际合作所，也是目前我国一个独具特色的崭新研究所类型。伙伴所的建立，既非马普模式在中国的简单复制，也非国内研究所运作方式的机械传承，而是以新思维、大思路、宽视野组织科研创新活动的探索与尝试，是中德双方在国际科技领域共同开垦的一片“试验田”。伙伴所的建所宗旨是，致力于理论与实验相结合的计算生物学研究，用简洁优美的数学语言解读生命奥秘。面向世界完全开放的国际化和从事交叉前沿的科学探索是伙伴所最显著的特征。
    作为一个国际化所，伙伴所肩负着四项重大使命，这就是：在科学研究方面，要成为引领计算生物发展的火车头；在组织管理方面，要成为探索新型运作模式的试验田；在队伍建设方面，要成为汇聚世界英才的智力资源库；在开放融合方面，要成为科技领域国际合作的成功典范。全面履行四项使命，既是伙伴所的立所之本，也是伙伴所的发展之道。
    伙伴所成立以来，铭记建所宗旨，努力践行发展使命，比较好地构建了一个国际化所结构框架，为吸引与凝聚来之世界范围的科学家共同开展计算生物学研究提供了一个国际平台。
    在研究所内部，伙伴所注重建立一支国际化的人才队伍。为保证人员成分的多元化和人才队伍的不断优化，伙伴所建立了核心委员会、学术委员会和定期国际科学评估制度及以目标管理为导向的工作激励机制。通过制度与机制保障，使伙伴所能够面向世界广纳贤才，不分国籍种族，以才为本，唯才是用。目前，伙伴所已云集了一批来自世界10多个国家包括科研、支撑与管理在内高素质的人才队伍，其中科研骨干队伍外籍人员的比例占到了研究人员总数的60%以上；支撑队伍外籍人员的比例在同类人员中也达到了30%。
    在研究所外部，伙伴所注重开展国际合作，依托科技部国际科技合作基地，围绕伙伴所即定研究方向，积极构建网络化的计算生物学研究体系，建立与深化稳定的国际合作关系，以期面向世界开发智力资源，形成我国计算生物学研究的发展优势。
    作为一个国际合作所，加强科学管理对保障其健康发展至关重要。在这方面我们注重两手抓，一手抓创新文化建设，一手抓制度体系建设。创新文化建设，重在推动多元文化融合，着力构建一个和谐向上、利于创新发展的国际大家庭。制度体系建设，重在设计制定规章，以期形成一套科学合理、规范一个国际化所高效运行的制度与机制。创新文化是支撑发展的软实力，是凝聚力量形成战斗力的重要保障。制度与机制是建立良好运行秩序的保障，是实现研究所规范化管理所依据的准则。通过两手抓，使一个国际化所形成从宏观角度看，整体运行规范有序；从微观角度看，又能张扬个性和激发创造力这样一种生动活泼的局面。

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