坚持中国特色自主创新道路，是深化科技体制改革过程中不可动摇的方向；而深化科技体制改革的目的，也正是为坚持走中国特色自主创新道路、建设创新型国家提供有力体制保障。
2006年全国科技大会提出了努力走中国特色自主创新道路、建设创新型国家的方针路线，确定了未来一段时间我国科技发展的总体方向。党的十七大多次强调走中国特色社会主义道路，并将中国特色自主创新道路置于与之相配套的五条具体道路之首。而今年刚刚结束的两院院士大会再次强调，要坚定不移走中国特色自主创新道路。中国特色自主创新道路，就是要深刻把握当前我国国情和国际态势，充分发挥中国特色社会主义制度优势，把增强自主创新能力作为经济社会发展的战略基点，坚持自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的方针，牢牢把握发展主动权。
中国特色自主创新道路的核心，是把科学技术与国家发展战略、经济社会发展目标紧密结合，并摆在优先发展的战略位置。历史经验表明，科技实力是决定一国国力强弱的关键。如今我国科技活动日益活跃，科技水平大幅提高。但不可否认，我国科技实力与发达国家相比仍有不小差距，核心关键技术受制于人的局面仍未完全破解，这些都制约着经济社会发展从科技创新中汲取持续发展的动力。与此同时，西方发达国家不仅掌握着先进科技，并对我国实施严格的技术出口管制。在这样的国内国际形势下，把科学技术摆在优先发展的战略位置，着力提升创新能力是一种必然，也是一种必须。
中国特色自主创新道路的内涵不仅如此。历史的经验告诉我们，发挥社会主义制度集中力量办大事的优势是在科技领域实现重点突破的有效途径。四十多年前“两弹一星”的成功令世界震惊，因为它不仅标志着中国在由发达国家主导的世界核俱乐部中占有一席之地，更向世人展示出在社会主义制度集中力量办大事的惊人效力。“两弹一星”的巨大成功与当时科技资源的贫乏形成鲜明对照，同时也说明，集中力量办大事能弥补资源整体匮乏的不足，通过集中运用优势资源，实现重点科技领域的突破、发展。
如今，我国迈入了科技发展的新阶段。在这个科技资源大大丰富、科技水平长足进步的新阶段，集中力量办大事的制度优势仍有着不可低估的作用。拉近与欧美发达国家在科技领域的差距，必须走一条跨越式发展的道路；支撑和引领经济社会持续协调发展，必须选择若干重点领域集中力量重点突破。这些非均衡的发展战略都离不开对科技发展进行宏观布局，对科技资源进行宏观调控引导，需要充分发挥集中力量办大事的制度优势。实际上，为探索新时期科技发展的举国体制，2006年发布的国家中长期科技发展规划纲要筛选出16个重大战略产品、关键共性技术和重大工程作为重大专项，金融危机期间又布局了七大战略性新兴产业重点、优先发展。
而从青藏铁路到高铁建设，从大飞机到载人航天等一系列科技工程的巨大进展，无不证明了这一科技组织方式的有效性。实际上，国际上也普遍采用这一方式组织实施重大科技攻关。
坚持走中国特色自主创新道路，并不意味着要关起门来搞创新。在创新全球化趋势愈发突出的今天，国家与国家之间的科技交流合作是优化创新资源配置、提高创新效率的必要途径。在新的竞争态势下，坚持自主开发的平台和信心，以更开放的心态、更广阔的视野参与到国际合作，是中国提高创新效率、向全球价值链高端迈进的基本路径。但国际合作是“珍珠换玛瑙”的游戏。一国的科技实力决定了其在国际合作中的地位，也决定了合作的深度和层次。以美国主导的国际空间站计划为例，从过去对我国紧闭合作大门到相关国家主动向我国提出开展合作的意愿，国际空间站计划对我国合作态度的巨大转变源于一个事实：载人航天工程的成功实施标志着我国迈入空间技术先进国家行列。在我国与100多个国家展开的科技合作中，类似的例子不胜枚举。它们都在说明同一个道理：以开放的心态参与国际科技合作必须以自身强大的创新能力为出发点和落脚点。
坚持走中国特色自主创新道路，并不意味着要将政府力量凌驾于市场机制之上。我们今天所强调的中国特色自主创新道路，是一条不同于计划经济时代集中力量办大事的道路，是一条国家意志与市场机制结合的道路。在新型科技举国体制下，政府的职能由直接推动变为宏观布局和引导，通过政策和资金引导多元化的主体参与到创新活动中。而市场的无形之手会发挥在配置资源方面的高效性，将创新资源配置到创新链中最适合的环节，同时推动对市场需求最敏感的企业成为创新主体，实现围绕创新需求的资源最佳配置。如果说过去计划经济时代的科技举国体制能实现集中力量办大事，那么目标一致化、运作方式市场化、利益主体多元化的新型科技举国体制则能高效地实现集中力量办好大事。
坚持走中国特色自主创新道路，最关键的还是要解决好科技与经济之间的关系。无论是坚持自主创新，还是发挥集中力量办大事的体制优势，其最终目的都是用科技发展撬动整个经济社会的繁荣发展。当前，企业创新主体地位未真正确立、产学研用结合不够紧密、创新体系整体效能有待提高等问题仍制约着科技优势转化为经济社会发展的优势。在深化科技体制改革过程中，必须统筹发挥好政府与市场两个方面的作用，以提高自主创新能力为核心，以促进科技与经济社会发展紧密结合为重点，破解机制体制束缚，加快建设中国特色国家创新体系。这既是坚持走中国特色自主创新道路不动摇的必然要求，也是坚持走中国特色自主创新道路不动摇的目的所在。