我们主要是通过着重做好“制度、透明、自律”三个方面的工作，来保障新科技计划组织实施中的“公平、公开、公正”。
　　在制度建设方面，我们下了很大力气，首先是制定和发布了一批管理制度，包括重点研发计划管理办法、项目立项管理程序、专业机构管理规定等，明确各个管理环节上的不同管理主体的分工与责任。其次是通过具体制度来确保评审立项等环节的管理工作有序规范。比如专业机构在评审中要从统一专家库中按照规定的资质和数量要求随机抽取，不能选择性的使用专家，还要执行严格的专家回避制度，参与重点专项实施方案和年度指南编制的专家，不能申请和评审相关项目等，将“运动员”和“裁判员”彻底分开。第三是所有的受理评审过程都要做到痕迹化管理，随时备查。
　　在信息透明方面，我们也采取了一系列改革措施，加强信息主动公开的力度，如在发布重点专项申报指南时，同步公布指南编写专家组名单、形式审查条件要求、形式审查责任人等，参加项目评审的专家也要公开公示，力求在项目管理源头就公开透明、责任明确。同时，结合前期6个试点重点专项的申报组织工作经验，整理了项目申报常见问题答疑，将与指南一起公布到科技管理信息系统公共服务平台上，方便申报者查阅、解惑，高效率准备申报材料，节约时间精力。
　　在建章立制、公开透明之外，我们也要求参与重点研发计划工作人员和科学家恪守职业规范和科学道德。通过提高专家和工作人员的行为自律，共同营造风清气正的氛围。在进行项目申报时，申报单位和申报负责人都要签订诚信承诺书，承诺杜绝五项有可能影响公平评审的行为；项目评审专家也要签署诚信承诺书，承诺恪守职业规范和科学道德，遵守评审规则和工作纪律；科技部和专业机构的工作人员，更要遵纪守法、公正廉洁。这类措施与前面所说的各项制度相配合，发挥综合效应。