25年来，863计划始终面向民生和社会发展的重大需求进行部署，先后育成超级优质杂交水稻品种数百个，国产转基因抗虫棉的市场占有率提高到95%，为保障我国粮食安全、促进农业发展和农民增收发挥了巨大作用。海水养殖动物育种育苗技术跻身国际先进行列，幽门螺杆菌疫苗、戊型肝炎疫苗、西达本胺等一大批创新疫苗和药物进入临床或被批准上市，为战胜SARS、禽流感疫情，缓解艾滋病、肝炎等重大传染病的威胁做出了重要贡献，有力促进了我国生物医药产业发展。
 
    杂交育种。为了保障国家粮食安全，提升种业科技国际竞争力，863计划在“七五”期间，提出“到2000年创造出比当时杂交稻单产提高20%以上、双季平均亩产吨粮的亚种间杂交稻新组合”的目标，1997年又启动了“超级杂交稻研究计划”。在863计划的长期支持下，我国相继推出三系法杂交水稻、两系法杂交水稻和超级杂交稻，杂交稻育种理论、技术与应用始终保持国际领先。2000年和2004年实现超级杂交稻研究计划第一期10.5吨/公顷和第二期12.0吨/公顷的产量指标，目前正在进行的第三期，2011年百亩试验亩产已达926.6公斤； 2003-2010年累计推广超级稻面积超过4000万公顷，为保障粮食安全、促进农民增收做出了重大贡献。
 
    转基因抗虫棉。转基因抗虫棉为减少农民生产成本和劳动强度，保护生态环境安全和棉农的身心健康，做出了重大贡献。据不完全统计，1992～1996年棉农因防治棉铃虫而中毒人数曾超过24万人次。1997年，国外跨国公司的转基因抗虫棉开始进入我国市场，1998-1999年占领了国内抗虫棉市场份额的95%。面对棉铃虫大爆发和国外抗虫棉垄断局面，863计划启动了抗虫基因构建研究项目，并稳定支持了棉花转化体系构建、转基因技术创新等技术，抗虫棉创制取得突破性进展，直接育种国产转基因抗虫棉新品种40多个，衍生抗虫棉品种120多个。2010年，国产转基因抗虫棉份额超过了95%。

    海水养殖。“九五”以来，在863计划支持下，针对海水养殖业发展的需求，我国建立了中国对虾、牡蛎、鲍、栉孔扇贝等多倍体诱导技术和鲆蝶类雌核发育和性转化的诱导技术，构建了大黄鱼、石斑鱼、大菱鲆等十几种海洋生物的细胞系，完成了牡蛎和半滑舌鳎等全基因组序列测序，构建了扇贝、鲍、对虾、海带等优势养殖品种的遗传连锁图谱，揭示了对虾白斑综合征病害的发生、传播规律，明确了鱼类和蟹类细菌性疾病的主要病原菌，弄清了重要养殖鱼类病毒性病原的流行病学特征，研发了深水网箱养殖自动控制装备，研制出10多种新型深水网箱，促进了我国海水设施养殖产业技术水平的提升。
 
    创新药物。为了提升我国医疗水平，保障人民群众身体健康，863计划从“七五”开始安排创新药物研究，开发了一批具有自主知识产权的创新药物，引领了国内新药的发展。基因工程药物和疫苗从无到有，基因治疗药物研发进入了世界先进行列；在全球范围内率先研制成功甲型H1N1流感疫苗，为我国乃至全球抗击甲流提供了及时有效的手段，流感药物应急生产和储备体系得到了全面完善；攻克了人源化抗体制备技术、哺乳动物细胞大规模培养等一系列技术瓶颈，缩短了研发周期、提高了研制成功率；重组幽门螺旋杆菌疫苗的研制成功，对于根除胃溃疡、降低胃癌发病率具有重要意义。